Seria ta zawiera oryginalną historię, która przedstawia młodych geniuszy, badaczkę Mei Kamino i inżyniera Yun Arikawę, którzy podejmują działania przeciw bezprecedensowemu zagrożeniu. Gdy niebezpieczeństwo pojawia się z głębin, tylko młodzi geniusze – Mei, Yun i ich zespół – mogą stawić czoła zagrożeniu w Godzilla Singular Point!