Złe wychowanie to obraz łączący w sobie masę filmowych gatunków. Akcja filmu toczy się w latach sześćdziesiątych w Hiszpanii. Opowiada o życiu dwóch chłopców kształcących się w katolickiej szkole. Są to przyjaciele Ignacio i Enrique wychowywani tam przez surowego księdza, molestującego jednego z przyjaciół seksualnie. Pewnego dnia cała trójka spotyka się.